La historia gira en torno a una chica de 12 años llamada Sakura Kinomoto, que un día, descubre un libro en su biblioteca particular que al abrirlo dispersa una serie de cartas por toda la ciudad, a continuación aparece un duendecillo llamado Kero-beros al que llama cariñosamente -en la versión original, claro- Kero-chan y que le dice que o recoge las cartas de CLOW... o se desembocará una gran catástrofe en el mundo. Kero-beros le otorga una llave mediante la cual Sakura adquirirá los poderes de Card Captor y podrá encerrar a las dichosas cartas, dicho de paso las cuales se manifiestan cada una de una manera distinta, y al capturarlas hacen que Sakura pueda adquirir un poder distinto que se irá acumulando. Su identidad de Card Captor solo la conoce Tomoyo, una amiga de su colegio. Hay que añadir la presencia de personajes como Yukito, amigo del Hermano de Sakura: Touya Kinomoto, y del cual Sakura está enamorada perdidamente.